Hasta la entrada de las tropas alemanas en Hungría y la reconstitución del gobierno el 19 de marzo de 1944 el gobierno húngaro se había negado a deportar a la población judía a los campos de concentración. El nuevo gobierno con su jefe proalemán Sztojay aceptó las exigencias alemanas, concentrando a los judíos en ghettos y campos transitorios para después deportarlos a Auschwitz-Birkenau. Preparativos a gran escala precedieron a los dos primeros transportes, que salieron el 29 de abril de 1944 de Kistarcsa (1800 judíos) y el 30 de abril de 1944 de Topolya (2000 judíos). Tras una interrupción de dos semanas empezó, el 15 de mayo de 1944, la fase principal de las deportaciones. Hasta el 9 de julio de 1944 437.402 judíos fueron deportados desde Hungría a Auschwitz. Debido a la fuerte presión por parte de los países neutrales y del Vaticano, el regente Horthy prohibió seguir con las deportaciones. En aquel momento, Alemania no quería que se agravase el conflicto con Hungría, por lo cual renunció a tomar medidas decisivas. Sin embargo, en agosto de 1944, varios centenares de judíos húngaros fueron transportados desde el campo para presos políticos en Kistarcsa a Auschwitz.
Para estar preparados antes de la llegada de los dos primeros transportes, se realizaron las siguientes mejoras: los crematorios fueron reformados, los hornos crematorios reforzados con chamota (arcilla refractaria) y las chimeneas con bandas de hierro. Detrás de los crematorios fueron excavadas fosas muy amplias. Un mayor número de presos fue asignado a los comandos de limpieza así como a los comandos especiales. A pesar de ello, estos dos comandos no daban abasto - eran demasiado los judíos que llegaban con sus correspondientes pertenencias.
Los judíos húngaros tardaban una media de al menos cuatro días para llegar al campo. Los vagones estaban tan abarrotados que no podían respirar. Tampoco se les daba de beber. Muchos de ellos morían por asfixia o de sed. Especialmente los niños pequeños, los ancianos y los enfermos morían debido a estas circunstancias durante el transporte.
Al tratarse de transportes tan numerosos, las SS seleccionaban a muchos judíos para enviarlos primero al campo y después a la cámara de gas. Sin embargo, el número de los cadáveres gaseados era tan elevado que los crematorios no tenían suficiente capacidad para esas masas. Los cadáveres se iban amontonando, de forma que terminaron apilándolos en hogueras dentro de unas fosas previamente excavadas, donde eran quemados. Para acelerar este proceso, fueron excavadas zanjas alrededor de las hogueras, en las que escurría la grasa de los cadáveres. Esa grasa se vertía sobre los montones de cadáveres, para que ardieran mejor y más rápidamente. Los hombres más sádicos de las SS se divertían arrojando en vida a niños pequeños o ancianas a la grasa hirviente o al fuego. Para calmar a los parientes de los deportados y también al resto de la población húngara que se había percatado del hecho de que un gran número de personas de repente había desaparecido, los húngaros recién llegados tenían que enviarles una postal con el siguiente texto: "Estoy bien." Como remitente había de figurar el campo de trabajo de Waldsee, que sólo existía en la imaginación de la Gestapo del campo. También aquellos, que eran enviados directamente del tren a la cámara de gas, recibían postales en las cabinas de los crematorios con la orden de escribir a casa.